Melalui SK Presiden RIS nomor 65/1950, pada tanggal 14 Februari 1950, terjadi pemisahan struktur organisasi persandian dari Kementerian Pertahanan, yang berada langsung di bawah Presiden. Pada 22 Februari 1972 menjadi “Lembaga Sandi Negara” dengan Keppres No. 7/1972. Sejalan dengan konsolidasi/penataan struktur kelembagaan Pemerintah, terjadi perubahan landasan hokum Lembaga Sandi Negara, berturut-turut pada 18 Juli 1994 dengan Keppres Nomor 54/1994, pada 7 Juli 1999 dengan Keppres Nomor 77/1999, dan terakhir dengan Keppres Nomor 103/2001.
Lembaga Sandi Negara sudah mengalami 6 (enam) masa kepemimpinan, dimulai dari Mayor Jenderal TNI Dr. Roebiono Kertopati dari tahun 1946-1984, diikuti kepemimpinan Laksamana Muda TNI Soebardo dari tahun 1986-1998, selanjutnya oleh Laksamana Muda TNI B.O. Hutagalung dari tahun 1998-2002, lalu Mayor Jenderal TNI Nachrowi Ramli, S.E. dari tahun 2002-2008, kemudian dari tahun 2009-2011 dibawah kepemimpinan Mayor Jenderal TNI Wirjono Budiharso, S.IP, dan sekarang dipimpin oleh Mayor Jenderal TNI Dr. Djoko Setiadi, M.Si.
BSSN.GO.ID